Situado na parte central do convento, a igreja de São Francisco foi Tombada pelo IPHAN em 1941. Com estilo predominante do Rococó (continuação do Barroco), a igreja tem um altar rico em detalhes, com desenhos em forma de flores, frutos, conchas, laços banhados a ouro. No altar, uma imagem de Cristo crucificado e ao seu lado a imagem de São Francisco de Assis. Mais à frente, a imagem de Nossa Senhora da Conceição e à sua direita a imagem de Santo Antônio. No teto, duas imagens datadas do século XVIII e XIX, pertencentes ao pintor baiano José Teófilo de Jesus, ambas retratando a chegada de São Francisco no céu, sendo acolhido por Jesus Cristo.