O Município de Frei Paulo foi emancipado em 25 de janeiro de 1890, quando então se tornou independente financeira, econômica e administrativamente. Sua história, no entanto, começa bem antes, quando ainda era chamada Matas de Itabaiana, e depois passou a ser conhecida por Chã do Jenipapo e Tabuleiro da Imbira. 
Na década de 60 do século XIX, vieram os freis Paulo Antônio de Casanova e David de Peruggia, incumbidos pelo Governo da Província, e construíram um tanque na localidade Chã do Jenipapo e a Igreja Matriz, que se dedicou ao Apóstolo São Paulo, em homenagem ao fundador.
Tal fato ocorreu, pois, a localidade conhecida por Matas de Itabaiana estava bem povoada e em crescente ascensão, decorrente da lavoura do algodão, bem como das fazendas de gado e produção de couro, o que levou à sua elevação à condição de cidade, o que se deu em 23 de outubro de 1920, através da Lei nº 797/1920.
Ao longo desses 132 anos desde a sua emancipação, Frei Paulo foi sendo construída de maneira que se tornou uma cidade, ainda relativamente pequena, mas que conta com uma estrutura bem organizada, com quadras largas e ruas paralelas ou perpendiculares, que lhe dá ares de uma cidade bem planejada.
Distante poucos 72km da capital, Aracaju, com uma população de 13.874 pessoas (Censo IBGE 2020), aos poucos, o município vem sendo descortinada e se descobrindo com um vasto potencial turístico, cultural e histórico. Junto com a cidade de Itabaiana, está construindo um roteiro turístico chamado Rota 235.